Après le deuxième impact, il ne reste plus du Japon que Tokyo-3, une ville attaquée par des créatures géantes qui cherchent à anéantir l'humanité, appelées les Anges. Après plus de huit ans sans avoir vu son père, Shinji Ikari reçoit un appel téléphonique lui demandant de se rendre de toute urgence au quartier général de la NERV, une organisation chargée de détruire les Anges à l'aide de robots géants appelés « Evas ». L'objectif de Shinji est de piloter l'Eva Unité 01 tout en faisant équipe avec la pilote de l'Eva Unité 00, Rei Ayanami. Remarque : il existe plusieurs versions, comme l’indique le numéro de version : • 1.0 : 1er septembre 2007 – Sortie originale en salles • 1.01 : 25 avril 2008 – Sortie en DVD comprenant des ajustements mineurs et des améliorations au niveau de l’image, du montage et de la qualité sonore. • Explication d’Evangelion 1.01 – Incluse dans l’édition spéciale DVD de la version 1.01, elle superpose de grandes légendes fournissant les « désignations officielles » des personnages, des lieux, des armes, des technologies, etc. • 1.11 : 27 mai 2009 - Réédition en Blu-ray/DVD avec l'ajout de 3 minutes d'animation inédite au cours des 15 premières minutes et la correction des problèmes vidéo présents dans la version précédente.