Une nuit, Madoka Kaname, 14 ans, fait un cauchemar effroyable : dans une ville dévastée, elle voit une jeune fille mener un combat perdu d’avance contre une créature terrifiante qui plane au-dessus d’elle, tandis qu’une créature magique ressemblant à un chat explique à Madoka que le seul moyen d’éviter cette issue tragique est de conclure un pacte avec lui et de devenir une « magical girl ». Le lendemain, le rêve de l’adolescente semble devenir réalité lorsque la jeune fille qu’elle a vue dans son rêve – Homura – arrive au collège de Mitakihara en tant qu’élève transférée, avertissant mystérieusement Madoka de rester telle qu’elle est ; mais lorsque, plus tard, elle et sa meilleure amie Sayaka rencontrent la même créature magique ressemblant à un chat que celle de son rêve — qui se présente sous le nom de Kyubey —, les deux amies découvrent que les filles magiques existent bel et bien, et qu’en outre, elles peuvent choisir d’en devenir une. Il leur suffit de signer un contrat avec Kyubey et d’accepter de se battre contre des êtres abstraits appelés « sorcières » qui répandent le désespoir dans le monde des humains ; en échange, chacune d’entre elles verra exaucé un seul vœu de son choix. Cependant, comme le laisse présager le présage de Homura, devenir une fée pourrait bien être bien plus compliqué que Madoka et Sayaka ne le pensent… Remarques : - En raison du séisme et du tsunami de Tōhoku de 2011, la diffusion des épisodes 11 et 12 a été reportée ; ils ont finalement été diffusés en double épisode le 21 avril 2011.