Les règles de l'alchimie stipulent que pour gagner quelque chose, il faut perdre quelque chose de valeur équivalente. L'alchimie est le processus qui consiste à décomposer un objet pour le reconstituer en une entité différente, ce processus étant régi par les règles de l'alchimie. Il existe cependant un objet capable de permettre à tout alchimiste de s'affranchir de ces règles : la pierre philosophale. Le jeune Edward Elric est un alchimiste particulièrement doué qui, à la suite d'un accident survenu il y a plusieurs années, a perdu son jeune frère Alphonse ainsi qu'une de ses jambes. Sacrifiant également l’un de ses bras, il a utilisé l’alchimie pour lier l’âme de son frère à une armure. C’est ainsi qu’a commencé leur périple pour retrouver leurs corps, à la recherche de la légendaire pierre philosophale.