Nous sommes à la mi-décembre, et Haruhi Suzumiya, chef de la Brigade SOS, annonce que celle-ci va organiser une fête de Noël dans sa salle de club, avec un fondue japonaise au menu. Les membres de la brigade, Kyon, Yuki Nagato, Mikuru Asahina et Itsuki Koizumi, commencent à tout préparer pour la fête, notamment les déguisements et les décorations. Mais quelques jours plus tard, Kyon arrive à l'école et constate que Haruhi a disparu. De plus, Mikuru affirme ne l'avoir jamais connu auparavant, Koizumi a également disparu et Yuki est désormais la seule membre du club de littérature. La Brigade SOS semble n'avoir jamais existé, pas plus que Haruhi Suzumiya. Personne à l'école n'a jamais entendu parler d'elle… sauf Kyon.