Peu après la mort de ses parents, Utena a été réconfortée par un prince qui lui a offert une bague ornée d'un blason en forme de rose. Utena a été tellement impressionnée par ce prince qu'elle s'est juré de devenir elle-même un prince un jour. Quelques années plus tard, Utena fréquente l'Académie Ohtori où elle donne du fil à retordre à tous les professeurs, car elle porte un uniforme de garçon afin de ressembler au prince qu'elle a rencontré il y a longtemps. Lorsqu’une amie d’Utena est insultée par un membre du Conseil des élèves, Utena se bat en duel pour défendre l’honneur de son amie. Son blason en forme de rose lui permet d’accéder à l’arène de duel, où elle remporte la victoire et se fiance à la Fiancée à la Rose. Sans s’en rendre compte, Utena se retrouve entraînée dans une série de duels contre d’autres membres du Conseil des élèves pour la possession de la « Mariée aux roses ». Alors qu’elle s’attache à Anthy, la « Mariée aux roses », elle doit se battre pour protéger son amie et découvrir l’horrible secret qui se cache derrière l’Académie Ohtori.