La Cross Academy est un internat d'élite qui compte deux classes distinctes et isolées l'une de l'autre : la classe de jour et la classe de nuit. En apparence, Yuuki Cross et Zero Kiryuu sont les délégués de l'académie et s'efforcent de maintenir l'ordre parmi les élèves lorsque les classes alternent le soir. Comme la classe de nuit regorge d’élites d’une beauté à couper le souffle, cela peut parfois s’avérer un peu difficile. C’est toutefois absolument nécessaire, car ces « élites » sont en réalité des vampires. Yuuki et Zero jouent le rôle de gardiens, protégeant les secrets de la classe de nuit et assurant la sécurité de la classe de jour, qui ignore tout de la situation. En tant que fille adoptive du président de l’académie, Yuuki prend ses fonctions avec sérieux et dynamisme. Cela lui permet également d’interagir avec celui pour qui elle nourrit secrètement un béguin et qui l’a sauvée, le président du dortoir de la classe de nuit, Kaname Kuran. Zero, quant à lui, nourrit une haine profonde envers les vampires et n’hésite parfois pas à tuer. Les vampires et les humains peuvent-ils coexister, même dans le cadre strict de l’Académie Cross ? Seul le temps le dira.