Otonashi se réveille dans l'au-delà et se rend compte qu'il n'a aucun souvenir de sa vie avant la mort. Désespéré de survivre à une guerre qui pourrait lui réserver un autre destin tragique, il rejoint la SSS dans la lutte contre Angel, dont la mission même est de détruire tous les habitants de cet au-delà. Alors qu’Otonashi lutte pour retrouver la mémoire et en savoir plus sur ce monde, il se rend compte que tout n’est pas aussi simple qu’il n’y paraissait.