L'histoire tourne autour des pouvoirs spéciaux dont fait preuve une petite partie des garçons et des filles à la puberté. Yuu Otosaka utilise son pouvoir à l'insu de tous et mène une vie scolaire assez normale et ordinaire. Un jour, une jeune fille, Nao Tomori, apparaît soudain devant lui. Sa rencontre avec elle va mettre au jour le destin des détenteurs de pouvoirs spéciaux.