Même si cela fait déjà un an que le club de natation du lycée Iwatobi a été créé, aucun nouveau membre ne s'est encore inscrit. Maintenant que Haruka Nanase et Makoto Tachibana sont en terminale, aux côtés de leurs amis plus jeunes, Nagisa Hazuki et Rei Ryuugazaki, ils doivent trouver un moyen d’attirer de nouveaux membres. Sinon, le club sera contraint de fermer l’année suivante faute d’effectifs. Par ailleurs, à l’approche de la remise des diplômes, l’heure est venue pour les élèves de terminale de se décider sur leurs projets d’avenir. Contrairement à leur ami Rin Matsuoka, le nouveau capitaine du club de natation de l’Académie Samezuka, qui est déterminé à réaliser son rêve de devenir nageur professionnel, Haruka et Makoto ne savent pas encore quelle voie professionnelle ils souhaitent emprunter. D’autres problèmes surgissent lorsqu’un vieil ami de Rin, Sousuke Yamazaki, arrive en ville pour étudier à l’Académie Samezuka ; l’arrivée de ce nageur récemment repéré provoque des tensions dans les relations entre lui, Rin et Haruka. [Écrit par MAL Rewrite]