La deuxième saison d’Ansatsu Kyoushitsu. Les élèves font leur retour à l’école pour le deuxième semestre. Après leurs exploits sur l’île pendant les vacances d’été, les élèves de la classe 3-E continuent d’aiguiser leurs lames, avec pour cible leur professeur, l’insaisissable Koro-sensei. Mais ils ont bien d’autres soucis que leur professeur, car des assassins ennemis, anciens et nouveaux, sont à la recherche de la prime désormais plus élevée mise sur la tête de la pieuvre. De plus, leurs rivaux de la classe A, ainsi que le redoutable proviseur du collège de Kunugigaoka, sont déterminés à empêcher la classe E d’atteindre l’excellence scolaire. Face à tous ces obstacles, le groupe doit continuer à travailler ensemble afin de vaincre ses adversaires et d’atteindre son objectif : assassiner leur professeur.