Depuis le meurtre de son père, Ryuuko Matoi parcourt le pays à la recherche de son assassin. Suivant sa seule piste — la moitié manquante de l’invention de son père, la « Scissor Blade » —, elle arrive à la prestigieuse Académie Honnouji, un lycée pas comme les autres. L'académie est dirigée par Satsuki Kiryuuin, la présidente du conseil des élèves, une jeune fille imposante et impitoyable, secondée par ses puissants subordonnés, les « Elite Four ». Dans la hiérarchie scolaire, où la concurrence est féroce, Satsuki octroie à celles qui occupent les échelons supérieurs des tenues spéciales appelées « Goku Uniforms », qui confèrent à celles qui les portent des capacités surhumaines uniques.