Cette aventure vertigineuse commence lorsque Pazu, un apprenti ingénieur, trouve une jeune fille, Sheeta, qui descend du ciel en flottant, portant un pendentif lumineux. Ensemble, ils découvrent qu’ils sont tous deux à la recherche d’un château volant légendaire, Laputa, et se jurent de percer le mystère du cristal lumineux qui orne le cou de Sheeta. Leur quête ne sera toutefois pas facile. Des pirates des airs cupides, des agents secrets du gouvernement et des obstacles incroyables tenteront de les empêcher de découvrir la vérité et de rester ensemble.