Ces derniers temps, Kyon s’est retrouvé entraîné dans de nombreuses aventures, tout cela à cause du club de la Brigade SOS et de sa présidente exubérante, Haruhi Suzumiya. Il a cessé depuis longtemps de croire au surnaturel, mais après avoir été contraint de rejoindre ce club uniquement pour cette raison, il a été témoin de phénomènes qui défient toute explication logique. Aux côtés de Kyon dans ses diverses mésaventures, on retrouve la timide et discrète Mikuru Asahina, la studieuse Yuki Nagato et l’éternel optimiste Itsuki Koizumi. Qu’il s’agisse des vacances d’été ou d’une fête scolaire, tout ce qui concerne leur club et Haruhi elle-même finit toujours par prendre une tournure étrange.