Quelques mois se sont écoulés depuis que Tomoya a déclaré son amour à Nagisa, et sa vie continue d’avancer alors qu’il ne cesse de rencontrer de nouvelles personnes, élargissant ainsi son horizon. Tandis que l’univers de Tomoya ne cesse de s’élargir, sa relation avec Nagisa entre dans une nouvelle phase, et aucun des deux ne sait vraiment où cela va les mener. Grâce à sa relation avec Nagisa, Tomoya commence à comprendre le sens et l’importance de la famille. Mais alors que Tomoya et Nagisa fondent leur propre famille, ils doivent faire face à de nombreuses épreuves tout au long de Clannad : After Story