Dans une société souterraine créée par l'homme, les descendants d'une génération bannie se disputent le contrôle de la ville de Lux, en ruines. Ichise, un orphelin devenu boxeur professionnel, perd une jambe et un bras pour satisfaire un promoteur de combats enragé. Au bord de la mort, il est recueilli par une jeune médecin et servi de cobaye pour la prochaine évolution de Texhnolyze. Doté de nouveaux membres, Ichise est pris sous l’aile d’Oonishi, un puissant dirigeant d’Organ, une organisation exerçant une certaine emprise sur Lux. Alors qu’Ichise est de plus en plus entraîné dans une guerre pour le contrôle territorial de la ville, il découvre son avenir possible grâce à la jeune prophétesse Ran, qui le guide depuis l’ombre dans ses moments les plus sombres. Avec l’escalade du conflit, Ichise doit découvrir la vérité sur Lux et se battre pour sa survie tout en prenant conscience de sa destinée.