Avec un père auteur de light novels et une mère illustratrice d’eroge, Kanou Shinichi est un otaku pur sang. Il ne possède toutefois aucun pouvoir particulier, si ce n’est ses vastes connaissances, sa perspicacité aiguë et son instinct infaillible en matière de « MOE » et de tout ce qui s’y rapporte, des mangas aux anime en passant par les jeux vidéo, les light novels et les figurines. Un jour, il se retrouve transporté dans un monde fantastique où vivent des elfes et où volent des dragons. On lui confie alors une mission : non pas combattre des monstres ni se lancer dans une quête, mais favoriser les échanges culturels en devenant un « missionnaire du moe » dans ce monde fantastique ! Il fait la connaissance d’un garde du palais aux goûts un peu « fujoshi », d’une servante demi-elfe et de l’impératrice, qui n’est qu’une petite fille. Il a alors l’idée de fonder une école. Au début, l’histoire prend des allures de comédie, mais Shinichi doit ensuite faire face à des problèmes sérieux : discrimination ethnique, problèmes sociaux, conflits avec les pays voisins, sabotage de la part d’éléments d’opposition, y compris du gouvernement japonais, etc. Parviendra-t-il à surmonter ces obstacles, à introduire avec succès la culture « moe » dans ce monde fantastique et à aider ses habitants ?