L'histoire tourne autour de Haruka Nanase, un garçon qui a toujours adoré être immergé dans l'eau et y nager. Avant de terminer l'école primaire, il a participé à une compétition de natation aux côtés des autres membres de son club de natation : Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki et Rin Matsuoka. Après leur victoire, chacun a pris des chemins différents. Le temps a passé, et alors que leur vie au lycée se déroulait sans histoire, Rin fait son apparition et défie Haruka lors d’une épreuve, lui démontrant ainsi sa puissance écrasante. Ne voulant pas en rester là, Haruka rassemble à nouveau Makoto et Nagisa et recrute un nouveau membre, Rei Ryugazaki, pour créer le club de natation du lycée Iwatobi dans le but de vaincre Rin.