À la suite d'une apparition soudaine de capacités psychokinétiques chez 0,1 % de la population, une transformation rapide a balayé le monde. Ce pouvoir quasi divin de manipuler la matière à distance a poussé de nombreux détenteurs de ce pouvoir à recourir à la violence, déclenchant ainsi une longue période de troubles. Finalement, après une époque chaotique marquée par l’avènement et la chute de régimes oppressifs, les humains dotés de pouvoirs psychiques ont réussi à instaurer une paix fragile en s’isolant du reste de la société, créant ainsi un nouveau monde régi par des règles complexes. Dans la ville de Kamisu 66, Saki Watanabe, 12 ans, vient de prendre conscience de ses pouvoirs et est soulagée de retrouver ses amis — le espiègle Satoru Asahina, le timide Mamoru Itou, la joyeuse Maria Akizuki, et Shun Aonuma, un garçon mystérieux que Saki admire — à la Sage Academy, une école spécialisée pour les médiums. Cependant, un sentiment de malaise s’installe lorsque Saki commence à s’interroger sur le sort de ceux qui ne parviennent pas à éveiller leurs pouvoirs, et que les enfants se retrouvent mêlés à des affaires secrètes, telles que la rumeur des « chats corrompus » qui, dit-on, enlèvent des enfants. Shinsekai yori raconte l’histoire singulière du passage à l’âge adulte de Saki et de ses amis, alors qu’ils s’efforcent d’assumer leurs rôles au sein de cette prétendue utopie. Accepter ces rôles pourrait toutefois s’avérer difficile face aux vérités sombres et choquantes de la société, ainsi qu’au chaos imminent engendré par ce nouveau monde.