Dans un avenir pas si lointain, l’humanité a atteint un stade où la greffe totale du corps, de la chair à la machine, est devenue possible. Cela permet d’accroître considérablement les capacités tant physiques que cybernétiques, et d’estomper les frontières entre ces deux mondes. Cependant, les criminels peuvent également tirer pleinement parti de cette technologie, ce qui donne lieu à des crimes nouveaux et parfois très dangereux. Pour faire face à ces nouvelles méthodes innovantes, le gouvernement japonais a créé la Section 9, une unité de police indépendante chargée de traiter ces crimes hautement sensibles. Dirigée par Daisuke Aramaki et Motoko Kusanagi, la Section 9 s’occupe de ces crimes dans tous les milieux sociaux, généralement avec succès. Cependant, confrontée à un nouveau hacker de niveau A surnommé « L’Homme qui rit », l’équipe se retrouve plongée dans un dangereux jeu du chat et de la souris, suivant la piste du hacker alors qu’il laisse son empreinte à travers le Japon.