2029 : Une agente cybernétique du gouvernement, le major Motoko Kusanagi, et le Bureau des enquêtes internes sont sur les traces du « Maître des marionnettes », un virus informatique mystérieux et menaçant capable de s'infiltrer dans des hôtes humains. Aux côtés de ses collègues de la Section 9, Kusanagi se lance dans une course contre la montre à la pointe de la technologie pour capturer cette entité omniprésente.