À une époque où la magie est en déclin dans la société, Atsuko Kagari est une jeune fille pleine d’entrain qui intègre l’Académie Luna Nova afin de réaliser son rêve : devenir sorcière, à l’image de son idole, Shiny Chariot. Shiny est une sorcière célèbre qui a disparu de la scène publique il y a de nombreuses années. Sur le chemin de l'école, Atsuko fait la connaissance de la gentille Lotte Yanson et de la espiègle Sucy Manbavaran ; toutes trois deviennent amies et partagent une chambre sur le campus. À l’académie, Atsuko se rend vite compte qu’elle est sérieusement désavantagée par rapport aux autres filles, car elle ne vient pas d’une famille de magiciens et doit donc apprendre le programme de magie en partant de zéro. Après avoir trouvé un objet ayant appartenu à Chariot, Atsuko doit découvrir comment activer et utiliser correctement la mystérieuse « Shiny Rod », dans l’espoir que cela lui permette de découvrir ce qui est réellement arrivé à son idole disparue.