L'histoire se déroule en 2138, à une époque où les jeux en réalité virtuelle connaissent un essor fulgurant. Yggdrasil, un jeu en ligne très populaire, est un jour discrètement mis hors service. Cependant, le protagoniste, Momonga, décide de ne pas se déconnecter. Momonga se retrouve alors transformé en squelette, sous les traits du « sorcier le plus puissant ». Le monde continue d’évoluer, et les personnages non-joueurs (PNJ) commencent à ressentir des émotions. Sans parents, sans amis et sans place dans la société, ce jeune homme ordinaire qu’est Momonga s’efforce alors de prendre le contrôle de ce nouveau monde issu du jeu.