Naota est un élève de sixième un peu à l'écart, en proie aux tourments de la puberté. Alors qu'il s'amuse avec l'ex-petite amie de son frère, une fille déchaînée à scooter le renverse, lui assène un coup de guitare basse sur la tête, puis emménage chez lui. Cette fille aux cheveux roses, Haruko – qui prétend être une extraterrestre – plonge Naota au cœur des manigances secrètes d’une méga-entreprise. Ah, et maintenant, des robots de combat géants jaillissent de son crâne. Ajoutez à cela une animation hallucinante et des mélodies qui résonnent dans votre cervelet pour couronner ce voyage qui vous fera craquer pour FLCL.