L'équipe de basket-ball du collège Teikou a été sacrée championne trois années d'affilée grâce à cinq joueurs exceptionnels qui, par leurs talents époustouflants et uniques, plongent leurs adversaires dans le désespoir et suscitent l'admiration des supporters. Cependant, après avoir obtenu leur diplôme, ces coéquipiers, surnommés « la génération des miracles », ont pris des chemins différents et se considèrent désormais comme des rivaux. Au lycée Seirin, deux nouveaux élèves de première année prouvent qu’ils ne sont pas des basketteurs comme les autres : Taiga Kagami, un joueur prometteur de retour des États-Unis, et Tetsuya Kuroko, un élève en apparence ordinaire dont la discrétion lui permet de se déplacer sans se faire remarquer. Bien que Kuroko ne soit ni athlétique ni capable de marquer des points, il faisait partie de l’équipe de basket-ball de Teikou, où il jouait le rôle du « sixième homme fantôme », qui faisait circuler le ballon avec aisance et aidait ses coéquipiers. Kuroko no Basket suit le parcours des joueurs de Seirin alors qu’ils tentent de devenir la meilleure équipe lycéenne japonaise en remportant le championnat Interhigh. Pour atteindre leur objectif, ils doivent affronter plusieurs équipes redoutables, dont certaines comptent dans leurs rangs l’un des cinq joueurs dotés de capacités surhumaines, que Kuroko et Taiga s’engagent à vaincre.