Après s'être installé dans la paisible ville de Hinamizawa, Keiichi Maebara mène une vie heureuse au lycée, passant souvent son temps à jouer à des jeux avec ses amis du quartier. Mais les apparences peuvent être trompeuses. Un jour fatidique, Keiichi apprend par hasard qu'un meurtre a eu lieu à Hinamizawa. Dès lors, des événements terrifiants se déroulent sous les yeux de Keiichi, qui découvre rapidement que ses amis proches ne sont peut-être pas tout à fait ce qu'ils semblent être. Adaptée du jeu d'énigmes amateur de 07th Expansion, l'histoire se déroule à travers une série de scénarios différents.