Index est toujours en fuite, et de nombreuses organisations magiques puissantes ainsi que des individus influents souhaitent la capturer afin d’exploiter les livres contenus dans sa mémoire, ce qui les amènerait à l’éliminer. Une guerre commence également à éclater entre ces organisations. Index ne peut compter que sur son ami Touma, qui l’a toujours protégée, ainsi que sur Misaka et ses autres amis de l’Académie.