À la suite de l'opération de grande envergure qui a conduit à la mise en détention de la nouvelle recrue Kafka Hibino, également connu sous le nom de Kaiju n° 8, les Forces de défense se sont retrouvées face à un dilemme quant à la manière de le gérer. Kafka est le premier kaiju à s'être rangé du côté des humains, et après mûre réflexion, il est finalement transféré à la Première Division des Forces de Défense dans l'espoir d'ajouter sa puissance à celle de la division la plus puissante, capable de faire face à n'importe quelle menace. Cependant, certaines personnes restent sceptiques à l'égard de Kafka, et celui-ci doit faire ses preuves lors de la prochaine mission. Kafka et la Première Division sont rapidement dépêchés sur les lieux lorsqu’une horde massive de kaiju ressemblant à des fourmis commence à semer le chaos. Grâce à la force combinée de Kikoru Shinomiya, l’ami de Kafka, et de leur capitaine, Gen Narumi, la mission semble se dérouler comme prévu. Mais lorsque Kafka ne parvient pas à se transformer en kaiju, le redoutable Kaiju n° 9 se joint à la bataille avec un seul objectif : l’éliminer et lui voler son pouvoir. Bien que la situation semble désespérée, Kafka doit surmonter avec ses compagnons l’épreuve la plus difficile qu’il ait jamais eu à affronter s’il veut continuer à poursuivre son rêve : combattre aux côtés de son amie d’enfance et capitaine de la Troisième Division, Mina Ashiro.