Avec le taux d’apparition de kaiju le plus élevé au monde, le Japon n’est pas étranger aux attaques de monstres meurtriers. C'est là qu'intervient la Force de défense japonaise, une organisation militaire chargée de neutraliser les kaiju. Kafka Hibino, chargé de nettoyer les cadavres de kaiju, a toujours rêvé de rejoindre cette force. Mais lorsqu'il se voit offrir une nouvelle chance de réaliser son rêve d'enfance, il subit une transformation inattendue. Comment peut-il combattre les kaiju maintenant qu'il en est devenu un lui-même ?!