Un avenir lointain, en 5012. L'invasion aérienne soudaine de la Terre par les ＜Extraterrestres＞ et leurs créations, les ＜Formes de vie mécaniques＞, a conduit l'humanité au bord de l'extinction. Les humains survivants se sont réfugiés sur la Lune pour organiser une contre-attaque à l’aide de soldats ＜androïdes＞ afin de reprendre le contrôle de la Terre. Cependant, la guerre s’enlise, car les ＜formes de vie mécaniques＞ continuent de se multiplier à l’infini. L’humanité déploie alors une nouvelle unité de soldats androïdes comme arme ultime : les ＜YoRHa＞. Récemment envoyée sur Terre, ＜2B＞ rejoint ＜9S＞, l’analyste actuellement en poste sur place, et au cours de leur mission, ils sont confrontés à une myriade de phénomènes mystérieux… Voici l’histoire de ces ＜androïdes＞ sans vie et de leur combat sans fin pour le bien de l’humanité.