Alors que l'équipage de Cowboy Bebop parcourt les étoiles, il apprend l'existence de la plus grosse prime jamais offerte : la somme colossale de 300 millions de woolongs. Apparemment, quelqu'un manie une arme chimique d'une puissance redoutable, et bien sûr, les autorités sont impuissantes à l'arrêter. La guerre lancée pour neutraliser le criminel le plus dangereux jamais vu oblige l'équipage à affronter un véritable fou, avec un espoir infime de réussir.