Himura Kenshin est un vagabond au passé sombre mais au caractère enjoué. Ce n’est pas un ronin, mais un rurouni ; il n’a jamais été samouraï, mais un assassin d’une habileté hors du commun à l’époque de la restauration Meiji, qui, au moment décisif de la guerre, a tout simplement pris la fuite. Ses pérégrinations le mènent à Tokyo en la 11e année de l'ère Meiji, où il se lie d'amitié avec une maître de kendo, une ancienne voleuse, un bagarreur et un médecin, tous porteurs de leurs propres secrets. Ensemble, ils combattent les ennemis issus du sombre passé auquel Kenshin ne peut échapper.