Natsume a toujours été mis à l'écart parce qu'il a hérité de la capacité de sa grand-mère à voir les yokai. Après avoir emménagé dans la ville natale de sa grand-mère et libéré par accident un yokai emprisonné dans une statue de chat porte-bonheur, il découvre le « Livre des amis » de sa grand-mère, qui contient les noms des yokai qu’elle a vaincus et permet à celui qui le détient de commander les yokai qui y sont mentionnés. Depuis lors, les yokai lui rendent visite quotidiennement, cherchant soit à récupérer leur nom, soit à s'emparer du Livre des Amis.