Kaname Sudou, un lycéen comme les autres, reçoit un e-mail l'invitant à tester une mystérieuse application appelée « Darwin's Game ». Dès qu'il lance l'application, Kaname se retrouve plongé dans un jeu où les joueurs s'affrontent à l'aide de super-pouvoirs appelés « Sigils ». Sans comprendre la raison de tout cela, Kaname parviendra-t-il à survivre aux combats acharnés contre les puissants adversaires qui l'attaquent ?