Élevé par un sorcier mystérieux après la mort de ses parents dans un incendie catastrophique, Shirou Emiya commence tout juste à s’initier aux rudiments de la magie. Cependant, lorsqu’il se retrouve pris au piège d’un combat entre deux puissants mages, il finit par lancer un sort dépassant ses capacités, invoquant par inadvertance une magnifique chevalière venue le protéger. Shirou se retrouve ainsi entraîné malgré lui dans la compétition connue sous le nom de « Guerre du Saint Graal », où sept mages appelés « Maîtres », accompagnés de leurs partenaires spirituels appelés « Serviteurs », s’affrontent pour s’emparer d’un puissant artefact censé exaucer tous les vœux.