Après avoir rejoint la résistance contre le bakufu, Gintoki et sa bande se cachent, en compagnie de Katsura et de ses rebelles Joui. Le Yorozuya est bientôt approché par Nobume Imai et deux membres du Kiheitai, qui leur expliquent que les pirates de l'Harusame se sont retournés contre le capitaine Kamui de la 7e division et leur ancien allié Takasugi. Le Kiheitai confie une mission à Gintoki : retrouver Takasugi, porté disparu depuis que son navire a été pris en embuscade lors d’un raid des Harusame. Nobume fait également une révélation stupéfiante concernant le Tendoushuu, une organisation secrète tirant les ficelles de nombreuses factions, et son chef Utsuro, ce personnage mystérieux qui ressemble de manière troublante à l’ancien professeur de Gintoki. Embarqués à bord du vaisseau spatial de Sakamoto, les membres de la Yorozuya et Katsura partent pour Rakuyou, la planète natale de Kagura, où les différentes factions se sont rassemblées et où la tension monte. Rancunes de longue date, luttes politiques internes et sinistre plan global du Tendoushuu aboutissent finalement à une bataille décisive et de grande envergure sur Rakuyou.