Le deuxième volet d'une trilogie adaptée de la troisième route du célèbre roman visuel : Fate/stay night. Shirou Emiya a fait son choix : continuer à se battre et protéger Sakura Matou. En raison de la participation de Zouken Matou à la Guerre du Saint Graal et de son invocation du Servant « True Assassin », la situation commence à se dégrader, s’aggravant progressivement de jour en jour. Déterminé à protéger Sakura et à ne pas la trahir, Shirou refuse d’abandonner le combat. Tandis que Sakura s’inquiète pour Shirou, elle se retrouve elle aussi empêtrée dans son propre destin de mage. Cependant, leurs vœux les plus chers sont sur le point d’être anéantis par la mystérieuse ombre noire qui recouvre la ville, tuant les Maîtres et les Servants les uns après les autres…