Chisa Yukizome prend ses fonctions de professeure principale de la 77e promotion d’élèves « Ultmate » de l’Académie Hope’s Peak. De son côté, Hajime Hinata, élève du « Parcours de réserve » destiné aux élèves sans talent, se prépare à subir une expérience visant à faire de lui l’« Espoir ultime ». S'ensuit alors une série d'événements tragiques qui mènent à la naissance des « Vestiges du désespoir » et à la survenue de « l'événement le plus grave, le plus horrible et le plus tragique de l'histoire de l'humanité ». Diffusée en parallèle de Danganronpa 3 : Mirai-hen, dont la diffusion a commencé en premier.