L'histoire se déroule dans un futur proche, dans un monde né de l'imagination humaine. Ce que les humains appelleraient des fantômes ou des monstres font leur apparition, et on finira par les appeler les « fantômes ». Le personnage principal, Haruhiko Ichijo, est en première année à l’Académie Hosea, aux côtés de sa camarade de classe plus âgée, Mai Kawakami, qui combat les fantômes grâce à son pouvoir « Esprit des cinq éléments », Izumi Reina, qui possède le pouvoir « Mangeuse de fantômes », et Koito Minase, qui combat les fantômes en solitaire. Ils vivent les hauts et les bas de la vie lycéenne avant qu’un certain incident ne les conduise à la vérité sur ce monde.