L'histoire commence avec le « Hundred », la seule arme capable de contrer la mystérieuse forme de vie sauvage qui attaque la Terre. Pour devenir un « Slayer » (maître des arts martiaux) capable de manier ce « Hundred », le personnage principal, Hayato Kisaragi, réussit à s'inscrire à l'académie navale « Little Garden », une ville flottante. Mais… « J’avais hâte de te rencontrer, Hayato !! » « Q–qui es-tu… ? » Hayato éprouve un sentiment étrange, mais familier, de décalage face à Emil Crossford, son camarade de chambre qui semble le connaître d’une manière ou d’une autre. De plus, dès son arrivée à l’école, il est provoqué en duel par la « Reine » (la Slayer la plus puissante de l’école), Claire Harvey !