La Guerre du Saint Graal se poursuit, chaque duo Maître-Serviteur tentant de s’emparer de celui qui exauce tous les vœux. Les plans de Caster ont été mis en œuvre, à commencer par la capture de Saber, tandis que Rin et Archer se séparent pour poursuivre leurs combats chacun de leur côté. Privé de l’aide de Saber, Shirou voit ses principes mis à l’épreuve ultime. Alors que de nombreux combats l’attendent face à des ennemis attendus et inattendus, la détermination de Shirou commence à prendre forme. Son désir de protéger les gens et de devenir un héros est-il sincère ? Ou s’agit-il simplement de sentiments empruntés ? Et cela suffira-t-il à le mener jusqu’au bout ?