L'Extrême-Orient, 2071. Le royaume des dieux fous. Au début des années 2050, des formes de vie inconnues appelées « cellules Oracle » commencent à dévorer sans retenue toute vie sur Terre. Leur appétit vorace et leur remarquable capacité d'adaptation leur valent d'abord la terreur, puis l'admiration, et enfin le nom d'« aragami ». Face à un ennemi totalement immunisé contre les armes conventionnelles, la civilisation urbaine s'effondre, et chaque jour, l'humanité est poussée un peu plus vers l'extinction. Il ne reste qu'une seule lueur d'espoir pour l'humanité. Suite au développement des « God Arcs » — des armes vivantes intégrant des cellules Oracle —, leurs utilisateurs sont regroupés au sein d’une force d’élite. Dans un monde ravagé par des dieux fous, ces « God Eaters » mènent une guerre désespérée…