La deuxième saison de « Kamisama Hajimemashita » : Nanami Momozono et ses familiers, Tomoe et Mizuki, ont surmonté de nombreuses épreuves depuis que Nanami a endossé le rôle de déesse protectrice du sanctuaire de Mikage. Comme on pouvait s’y attendre, le dieu du vent Otohiko vient inviter Nanami à l’Assemblée divine d’Izumo, la demeure des dieux, et Nanami décide d’emmener Mizuki avec elle, laissant Tomoe se faire passer pour elle à l’école. Cependant, elle a une arrière-pensée en se rendant à l’Assemblée divine : découvrir où se trouve le seigneur Mikage, l’ancien dieu du sanctuaire, qui a disparu. Après ses aventures à Izumo, Nanami rencontre Botanmaru, une enfant tengu à la recherche d’une personne qu’elle ne connaît que trop bien : Shinjirou Kurama, un tengu devenu idole gothique. Botanmaru a besoin que Shinjirou, leur prince, rentre chez lui au mont Kurama pour mettre fin à la tyrannie de Jirou, qui a pris le contrôle de leur ville natale. Cependant, Nanami découvre bientôt qu’une force bien plus sombre que Jirou est à l’œuvre sur la montagne. En tant que déesse débutante s’habituant peu à peu à sa divinité, Nanami doit faire face à une rébellion des tengu, à ses sentiments naissants pour Tomoe et à un homme étrange lié à la fois au passé de Tomoe et à l’avenir de Nanami.