L'histoire se déroule un an et demi après les événements de *Psycho-Pass*. Ayant découvert la véritable nature du système Sibyl, Akane Tsunemori a choisi de se plier à ce système, convaincue de l'importance de l'humanité et de l'ordre juridique. Elle fait désormais partie d'une nouvelle brigade de police et passe ses journées à lutter contre les criminels. À l'insu d'Akane, cependant, un monstre qui va ébranler le système jusqu'à ses fondements est sur le point d'apparaître devant elle.