Toru Acura est un ancien soldat de 20 ans qui erre sans but depuis la fin de la guerre. Il rencontre Chaika Trabant, une sorcière de 14 ans transportant un cercueil, et se met à sa suite dans l’espoir de redonner un sens à sa vie. Tous deux voyagent en compagnie d’Akari, la sœur adoptive de Toru, qui est la seule du groupe à avoir un emploi et constitue ainsi la source de revenus de Toru.