La deuxième saison de « Toaru Kagaku no Railgun ». Il se passe quelque chose de sinistre à Academy City. Dans l’ombre, des rumeurs circulent au sujet d’une organisation qui clonerait des élèves dotés de super-pouvoirs, appelés « espers ». Mikoto Misaka, experte de haut niveau en maîtrise de l’électricité, ne prend pas ces rumeurs au sérieux jusqu’à ce qu’elle se retrouve face à face avec une copie d’elle-même. Après avoir appris que ces clones – ses sœurs – sont systématiquement assassinés dans le cadre d’une série d’expériences visant à transformer un tueur sadique en l’esper le plus puissant de l’histoire, Misaka jure de sauver ses clones et de détruire l’organisation responsable de ce projet. Alors que Misaka se prépare à affronter l’esper avide de pouvoir de l’organisation, elle découvre qu’elle n’était pas la seule victime des forces scientifiques qui complotent au sein de la ville — et c’est quelque chose que Misaka et les filles de Judgement ne sont tout simplement pas prêtes à tolérer.