Trente ans auparavant, un phénomène étrange appelé « séisme spatial » avait dévasté le centre de l’Eurasie, faisant au moins 150 millions de victimes. Depuis lors, des séismes spatiaux de moindre ampleur frappent le monde de manière irrégulière. Shidou Itsuka, un lycéen en apparence tout à fait ordinaire, rencontre une mystérieuse jeune fille au cœur même d’un séisme spatial et apprend de sa sœur Kotori qu’elle fait partie des « Esprits », véritables responsables de ces séismes qui se produisent lorsqu’ils se manifestent dans le monde. Il apprend également que Kotori est la capitaine du dirigeable Ratatoskr et qu’elle le recrute afin de mettre à profit son étrange capacité à sceller les pouvoirs des Esprits et à les empêcher de constituer une menace pour l’humanité. Il y a toutefois une condition : pour sceller un Esprit, il doit la faire tomber amoureuse de lui.