Vers la fin du XIXe siècle, Allen Walker rejoint officiellement l'organisation des exorcistes chargée d'éliminer les êtres connus sous le nom d'Akuma, des armes mécaniques créées par le Comte du Millénaire à partir des âmes tourmentées des morts. Allen possède à la fois un œil maudit et une arme anti-Akuma en guise de bras, dotés du pouvoir de l’« Innocence », un don qui lui a été accordé en tant qu’apôtre de Dieu. Allen, aux côtés de ses compagnons exorcistes, doit mettre un terme au complot ultime du Comte du Millénaire, qui pourrait entraîner la destruction du monde et de tous ceux qui y vivent.