Yashiro Isana a mené une vie relativement ordinaire et simple. Il vit à Shizume, une ville à la pointe de la technologie, et fréquente le lycée Ashinaka, un établissement réputé situé sur une île juste à l’extérieur de la zone urbaine. Yashiro est aimable avec tout le monde. Tout semble aller pour le mieux chez lui, si ce n’est peut-être son habitude d’oublier où il a rangé son PDA fourni par l’école. Cependant, rien de normal ne s’est produit depuis le récent meurtre de Tatara Totsuka, membre éminent du tristement célèbre HOMRA. Personne ne sait exactement qui l’a tué, mais l’homme responsable présente une ressemblance troublante avec Yashiro. Assoiffés de vengeance, les membres du clan rouge de HOMRA se sont lancés à la poursuite de Yashiro pour le tuer. Tout le monde soupçonne Yashiro d’être le meurtrier.