Alors que la quatrième Guerre du Saint Graal fait rage sans qu’un vainqueur ne se dessine, les Servants restants et leurs Maîtres sont convoqués par Risei Kotomine, responsable de l’Église, afin de s’unir pour faire face à une menace imminente susceptible de faire échouer la Guerre du Saint Graal et d’entraîner la destruction de la ville de Fuyuki. Cette trêve précaire vole rapidement en éclats lorsque les Maîtres démontrent qu’ils sont prêts à tout, aussi ignoble soit-il, pour remporter la victoire. Le doute s’installe entre Kiritsugu Emiya et Saber, sa Servante, alors que leurs idéologies contradictoires sur l’héroïsme et la chevalerie s’affrontent. Pendant ce temps, un lien inquiétant se tisse entre Kirei Kotomine, qui cherche toujours à trouver un sens à sa vie, et l’un des Servants restants. Alors que le compte à rebours menant à la fin de la guerre arrive à zéro, le prix de la victoire commence à brouiller la frontière entre victoire et défaite.